千石（せんごく）大学の考古学者、柳生（やぎゅう）博士とその孫娘のナスティは碑文から世界の危機を予感していた。その頃、新宿に両親と買い物に来ていた少年山野純（やまの じゅん）は、白虎を連れた真田遼（さなだ りょう）と名乗る不思議な少年と出会う。虎を連れた少年の出現に騒然となる街を不可解な稲妻が襲い都市機能は麻痺し、人々はパニック状態に陥る。さらに妖邪兵（ようじゃへい）が突如出現する。はぐれた両親を探し戦いに巻き込まれそうになった純を助けたのは、ニュースを見て駆けつけたナスティだった。遼はアンダーギア姿となり戦うも苦戦。そこへ羽柴当麻（はしば とうま）、秀麗黄（しゅう れいふぁん）、毛利伸（もうり しん）、伊達征士（だて せいじ） の四人の仲間が駆けつける。五人のサムライトルーパー鎧擬亜（ヨロイギア）をまとい妖邪兵に立ち向かうが、純とナスティが妖邪兵に捕まり窮地に陥ってしまう。