新宿上空に突如、妖邪界の阿羅醐城が出現。妖邪帝王阿羅醐（あらご）が妖邪四天王と呼ばれる４人の戦士、朱天（しゅてん）、螺呪羅（らじゅら）、那唖挫（なあざ）、悪奴弥守（あぬびす）と妖邪兵を指揮して人間界の支配に乗り出す。それに対抗するのは、ヨロイギアと呼ばれるアーマーを装着することで鎧武者の戦士へと変身を遂げる５人の少年たち。烈火のリョウこと真田遼、水滸のシンこと毛利伸、天空のトウマこと羽柴当麻、金剛のシュウこと秀麗黄（シュウ・レイファン）、光輪のセイジこと伊達征士。サムライトルーパーと呼ばれる彼らは、戦国の世から妖邪と戦ってきた迦雄須（かおす）と名乗る雲水の助けを借りて阿羅醐と戦っていく。